ตามที่รัฐบาลมีนโยบายและให้ความสำคัญในการปรับปรุงโครงสร้างของหน่วยงานภาครัฐเพื่อการพัฒนาประเทศทั้งในระยะสั้น ระยะกลาง และระยะยาว ให้ประเทศมีความเข้มแข็งทั้งระบบเศรษฐกิจ และสังคม เพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของประเทศ เพิ่มทักษะและความสามารถให้ทรัพยากรบุคคล ตลอดจนยกระดับคุณภาพชีวิตประชาชน และได้มีการจัดตั้งสำนักงานส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม (สกสว.) ขึ้นโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริม สนับสนุน และขับเคลื่อนระบบการวิจัยและนวัตกรรมของประเทศด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี สังคมศาสตร์ มนุษยศาสตร์ และสหวิทยาการ เพื่อสร้างองค์ความรู้ พัฒนานโยบายสาธารณะ และสนับสนุนการนำผลงานวิจัยและนวัตกรรมไปใช้ในเชิงเศรษฐกิจและสังคม เพื่อให้เกิดการพัฒนาประเทศอย่างสมดุลและยั่งยืน และเปลี่ยนแปลงภารกิจหลักจากการเป็นผู้สนับสนุนการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่ในแขนงต่างๆ เป็นผู้จัดสรรงบประมาณด้านการวิจัยให้กับหน่วยงานในระบบวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ผ่านกองทุนส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (กองทุนส่งเสริม ววน.) โดยมีคณะกรรมการส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (กสว.) ซึ่งมีอำนาจหน้าที่สำคัญในการบริหารกองทุนส่งเสริม ววน. รวมถึงกำหนดหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการจัดทำคำของบประมาณและการจัดสรรงบประมาณให้แก่หน่วยงานในระบบวิจัยและนวัตกรรม ซึ่งตั้งแต่ปีงบประมาณพ.ศ. 2563 เป็นต้นมา และได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างหน่วยงานในระบบบริหารการวิจัยและการจัดการทุนของประเทศไทยเป็น 5 ส่วน ดังนี้

           1.  หน่วยนโยบายยุทธศาสตร์แผนและงบประมาณ

                 1.1  สภานโยบายการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติ (สอวช.) ทำหน้าที่ในการกำหนดนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผนด้านการอุดมศึกษา และแผนด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรมของประเทศให้มีเอกภาพและเป็นระบบ ตลอดจนการจัดสรรงบประมาณและการประเมินผลการปฏิบัติให้เป็นไปโดยเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ

                  1.2  สำนักงานส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม (สกสว.) ทำหน้าที่ส่งเสริม สนับสนุน และขับเคลื่อนระบบการวิจัยและนวัตกรรมของประเทศด้านวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี สังคมศาสตร์ มนุษยศาสตร์ และสหวิทยาการ เพื่อสร้างองค์ความรู้ พัฒนานโยบายสาธารณะ และสนับสนุนการนำผลงานวิจัยและนวัตกรรมไปใช้ในเชิงเศรษฐกิจและสังคม เพื่อให้เกิดการพัฒนาประเทศอย่างสมดุลและยั่งยืน และเปลี่ยนแปลงภารกิจหลักจากการเป็นผู้สนับสนุนการวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้ใหม่ในแขนงต่างๆ เป็นผู้จัดสรรงบประมาณด้านการวิจัยให้กับหน่วยงานในระบบวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ผ่านกองทุนส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (กองทุนส่งเสริม ววน.)

2.        หน่วยบริหารและจัดการทุน (Program Management Unit; PMU) ประกอบด้วย 9 หน่วยงาน ได้แก่

2.1  สำนักงานการวิจัยแห่งชาติ (วช.) สนับสนุนทุนวิจัยและนวัตกรรมหลักของประเทศเพื่อยกระดับสังคมและสิ่งแวดล้อมให้มีการพัฒนาอย่างยั่งยืนด้วยวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ให้เป็นฐานการขับเคลื่อนการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมประเทศแบบก้าวกระโดดและอย่างยั่งยืน ขับเคลื่อนระบบนิเวศวิจัยและนวัตกรรมให้เข้มแข็ง พัฒนาและบูรณาการ ระบบข้อมูลสารสนเทศกลางด้าน ววน. ของประเทศอย่างมีประสิทธิภาพ และปรับรูปแบบการบริหารองค์กรให้มีความคล่องตัว พร้อมขับเคลื่อนสู่อนาคต

2.2   สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.) สนับสนุนทุนวิจัยเพื่อพัฒนาระบบสาธารณสุขของภาครัฐและภาคเอกชน และส่งเสริมความร่วมมือการวิจัยระบบสาธารณสุขระหว่างภาครัฐและภาคเอกชน ตลอดจนนานาประเทศ สนับสนุนการเพิ่มสมรรถนะในการเลือก การรับ และการถ่ายทอดวิทยาการและเทคโนโลยีจากต่างประเทศ โดยมุ่งเน้นการสร้างงานวิจัยเพื่อสนองตอบต่อการพัฒนาคุณภาพชีวิตประชาชนและสังคม การวิจัยระบบสุขภาพไปสู่การวิจัยด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์

2.3    สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ (สนช.) สนับสนุนทุนวิจัยเพื่อยกระดับความสามารถด้านเทคโนโลยีและนวัตกรรมในสาขาอุตสาหกรรมที่เป็นยุทธศาสตร์ของประเทศ และอุตสาหกรรมใหม่ที่กำลังจะเกิดขึ้นในอนาคตทั้งระดับภูมิภาค ระดับประเทศและนานาชาติ เชื่อมโยงเครือข่ายวิสาหกิจอย่างบูรณาการ โดยให้การสนับสนุนทั้งด้านวิชาการและการเงิน ส่งเสริมให้เกิดการพัฒนาระบบนิเวศนวัตกรรมที่อยู่ในภูมิภาคร่วมกับเครือข่ายในพื้นที่ทั้งภาคการศึกษา ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม เพื่อให้เกิดวิสาหกิจเริ่มต้น (Startup) วิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อมที่ประยุกต์ใช้เทคโนโลยี (Smart SMEs) สนับสนุนการยกระดับทักษะความสามารถของบุคลากรด้านเทคนิค และการบริหารจัดการองค์กรให้เกิดเป็น “องค์กรนวัตกรรม” สร้างการรับรู้และสร้างความเข้าใจด้านนวัตกรรมและเทคโนโลยี เพื่อให้เกิดวัฒนธรรมนวัตกรรมทั้งในระดับอุตสาหกรรม ระดับองค์กร และประชาชน

2.4   สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร องค์การมหาชน (สวก.) ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนางานวิจัยการเกษตร พัฒนาบุคลากรด้านการวิจัยการเกษตร จัดให้มีการศึกษา ค้นคว้า วิจัย พัฒนาและเผยแพร่ข้อมูลและสารสนเทศในด้านการเกษตร ร่วมมือทางวิชาการกับสถาบันการศึกษาหรือสถาบันอื่นของรัฐและเอกชนในการผลิตและพัฒนางานวิจัยและนักวิจัยการเกษตรทั้งในประเทศและต่างประเทศ เป็นศูนย์กลางในการให้บริการข้อมูลและสารสนเทศในด้านการเกษตรที่ได้จากการศึกษา ค้นคว้า และพัฒนา ตลอดจนการเชื่อมโยงกับสถาบันการศึกษาและหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศ รวมถึงส่งเสริมให้เกิดกิจการทางวิชาการเพื่อเผยแพร่ความรู้ในรูปแบบต่างๆ เช่น การจัดพิมพ์เอกสาร การจัดทำสื่อโสตทัศน์ การสัมมนา การประชุมเชิงปฏิบัติการ การจัดนิทรรศการ หรือดำเนินการอื่นใดที่เกี่ยวกับการเผยแพร่ความรู้ในด้านการเกษตร

2.5     หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนาระดับพื้นที่ (บพท.) สนับสนุนทุนวิจัยและนวัตกรรมเพื่อการพัฒนาเชิงพื้นที่ การพัฒนาชุมชนหรือท้องถิ่น ที่มีวัตถุประสงค์ให้ประชาชนมีชีวิตความเป็นอยู่ดีขึ้น มีคุณภาพชีวิตที่ดี และยกระดับขีดความสามารถในการแข่งขันของผู้ประกอบการรายใหม่ ธุรกิจขนาดจิ๋ว วิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม วิสาหกิจชุมชน และวิสาหกิจเพื่อสังคมในระดับพื้นที่

2.6   หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการพัฒนากำลังคน และทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษา การวิจัย และการสร้างนวัตกรรม (บพค.) สนับสนุนทุนวิจัยด้านการพัฒนากำลังคนในสาขาที่จำเป็นต่อการพัฒนาประเทศตามนโยบายและยุทธศาสตร์การอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม และนโยบายของรัฐบาล รวมถึงการให้ทุนการศึกษา ทุนสนับสนุนนักวิจัยและบุคลากรอื่นหลังปริญญา ทุนด้านการพัฒนาสถาบันอุดมศึกษาและสถาบันวิจัยและนวัตกรรม และทุนด้านการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี

2.7   หน่วยบริหารและจัดการทุนด้านการเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของประเทศ (บพข.) สนับสนุนทุนวิจัยเพื่อเพิ่มความสามารถทางการแข่งขันของประเทศ โดยผลักดันให้เกิดการทำงานร่วมกันระหว่างภาครัฐและเอกชนทั้งในและต่างประเทศ ทำให้งานวิจัยสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้จริงในเชิงพาณิชย์ ได้แก่ การสนับสนุนทุนวิจัยและสร้างนวัตกรรมเพื่อเพิ่มความสามารถในการแข่งขันของภาคการผลิตและภาคบริการ ทุนส่งเสริมการใช้ประโยชน์ผลงานวิจัยและนวัตกรรมในเชิงพาณิชย์ ทุนสนับสนุนการถ่ายทอดเทคโนโลยี ทุนพัฒนาแพลตฟอร์มทางนวัตกรรมในภาคการผลิตและภาคบริการ ทุนเพื่อพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานห้องปฏิบัติการเพื่อการให้บริการด้านคุณภาพและการถ่ายทอดเทคโนโลยี และทุนเพื่อการสร้างตลาดนวัตกรรม

2.8     สถาบันวัคซีนแห่งชาติ (สวช.) ส่งเสริม สนับสนุน หรือดำเนินการให้มีการวิจัย การพัฒนา การผลิต และการกระจายวัคซีนให้มีคุณภาพและมีปริมาณเพียงพอ สำหรับที่จะใช้ทั้งในสถานการณ์ปกติและในสถานการณ์ฉุกเฉิน บริหารจัดการเพื่อการบูรณาการและขับเคลื่อนการดำเนินการให้สัมฤทธิ์ผลตามนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ความมั่นคงด้านวัคซีนแห่งชาติ สร้างเครือข่ายผู้เชี่ยวชาญด้านวัคซีน และประสานงานหรือร่วมมือกับหน่วยงานของรัฐ สถาบัน การศึกษา องค์กรระหว่างประเทศ หรือองค์กรเอกชนที่เกี่ยวข้องในการดำเนินการเกี่ยวกับวัคซีน เป็นศูนย์กลางการบริหารจัดการข้อมูลและความรู้เชิงบูรณาการ เพื่อประกอบการตัดสินใจเชิงนโยบาย เศรษฐกิจ และวิชาการเกี่ยวกับวัคซีน เพื่อให้บริการทางวิชาการ พัฒนาข้อมูลและสร้างองค์ความรู้ เทคโนโลยี และนวัตกรรมด้านวัคซีน และส่งเสริม สนับสนุน หรือดำเนินการให้มีการฝึกอบรมเพื่อการพัฒนาบุคลากรด้านวัคซีนของประเทศ

2.9    ศูนย์ความเป็นเลิศด้านชีววิทยาศาสตร์ (องค์การมหาชน) (TCELs) ขับเคลื่อนการเชื่อมโยงองค์ความรู้และนวัตกรรมไปสู่การสร้างและพัฒนาธุรกิจและอุตสาหกรรมด้านชีววิทยาศาสตร์ให้เติบโตเป็นหนึ่งในอุตสาหกรรมหลักของประเทศและนาประเทศไทยสู่ระดับแนวหน้าของภูมิภาค ด้วยการเสนอยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้อง สนับสนุนและส่งเสริมให้เกิดงานวิจัยและนวัตกรรมด้านชีววิทยาศาสตร์ รวมทั้งการถ่ายทอด พัฒนาองค์ความรู้และธุรกิจและเชื่อมโยงสู่เชิงพาณิชย์

3.      หน่วยทำวิจัยและนวัตกรรม

4.      หน่วยมาตรวิทยา มาตรฐาน การทดสอบคุณภาพและบริการคุณภาพ

5.      หน่วยด้านการจัดการความรู้และใช้ประโยชน์